cuando bajas el emulador te viene un programa que carga los juegos que quieras en un archivo .gba (o .nds segun sea el caso).
Lo que ami me ha funcionado es cambiar la extencion a NDS y cargarla en la CF.
Como dato adicional si te dan pantallasos en blanco, revisa si el emulador es compatible (que es poco probable) o que el juego no sea compatible. Revisa las listas de compatibilidad para que no preguntes que como cargas una rom en el emulador.
Suerte.