HBC que yo sepa no lee desde USB, asi que por lo pronto los emuladores los tendrás que tener en la SD. En el USB puedes meter las roms que quieras pero siempre en los directorios adecuados para cada emulador, lee los readmes de cada uno y sabrás si es compatible o no y con que formato.
Tendrás que crear una partición FAT en tu disco duro para esto.