Parece que la gente no se entera de lo que se trata...Esta bien que mame ahorra a los peresosos de mente en estar separando/gestionando/etc los juegos pero eso no significa que sean formatos distintos..
M.A.M.E no es un "estandar" mas bien es como sus siglas dicen:
Multi
Arcade
Machine
Emulator
Lo que significa que un emulador puede emular Multiples formatos (sean consolas o arcades) y con ello emular diversas roms..PERO esto requiere una cantidad de memoria y recursos que la NDS NO TIENE
Por ende NO ES FACTIBLE hacer esto directamente (tanto por las limitantes de la consola como la variedad de los formatos en cuestion)
Por ejemplo en el caso de la NDS hay que separar formatos como NeoGeo,system32,FBA,Nes,SNES,SMD,etc,etc..Algunos de ellos como el Neogeo es posible emularlos pero si quieren emular otra cosa DEBEN tener/hacer un emulador especifico para ello..
Para mas informacion sobre el mame lean esto
http://mamedev.org/Usando la logica si te dicen "emulador de NES" ¿De que plataforma DEBES tener tus juegos?