Como bien dices rafa-lito, el emulador de N64 solo puede cargar una rom. Ahora bien, lo que nadie te impide hacer es crear un DVD multiboot en el que pongas varias isos del emulador de N64 (cada una con su correspondiente ROM). Con la GBA, más de lo mismo.
Cabe decir que el emulador de N64 tiene una compatibilidad MUY limitada. El de GBA va bastante bien (que yo haya encontrado, solo el Mario Advance 4 no funcionaba), pero no permite salvar la partida.