Aqui mi experiencia:
-FCEUltra 0.9.3. Emulador de NES que trabaja perfectamente con el 99% de las ROMs de Nintendo. Es a mi parecer, el mejor emulador para la consola, pues es muy eficiente y con varias opciones, ademas no pesa nada. Totalmente compatible con USB.
-SNES Station 0.2.4. Emulador de SNES, trabaja decentemente con gran parte del las ROMs de Super Nintendo, pero tiene variados problemas [sonido, por ejemplo] y no es compatible con juegos tales como SFAlpha. Existe un mod que carga de USB, ademas desde HDD.
-PGEN 1.5.1. Emulador de Sega Genesis\Megadrive, trabaja decentmente con parte de los ROMs de Sega, pero abundan problemas de compatibilidad, sonido, ralentizaciones y asdf... Existe version USB.
De ahi para abajo, el resto de los emuladores son bastante mediocres [salvadas excepciones], con multiples fallas, ni que pensar USB o HDD. Sin contar con proyectos que vengo escuchando desde hace un par de anios, como el mentado PS2PSXe [emulador de PSX] que vive en version beta solo para su creador.
Una pena que no haya mas, pero es la realidad de una consola casi abandonada. Se agradece el aporte de algunos fanaticos que hacen esfuerzos tremendos por sacar emuladores y demases para esta ya clasica consola.
Saludos.
PD: Seria bueno revisar el link de foro que habla de la "scene", no aparecen emuladores nuevos ni versiones modificadas.