Depende del emulador. Si lo que quieres es arrancarlo desde un cd/dvd tienes que estructurar el disco de manera que el archivo default.xbe del emulador quede en la raiz (o sea, d:\default.xbe). Las roms tendrás que meterlas en el directorio correspondiente dependiendo del emulador (lo suelen explicar en el readme).
Si lo que quieres es meter varios emuladores en 1 cd/dvd, pues no sé. Tal vez te sirva el gameselector (yo nunca lo he usado). Si no, tendrías que usar Evox.