esta claro que comparten la misma red, pasa lo mismo con otros clientes como elephant, edonkey, overnet...
respecto a lo de los archivos, estoy casi seguro de que si movieses los temporales del de windows a ubuntu, te funcionaria perfectamente en el amule y podrias seguir descargando los mismos archivos por el porcentaje que tenias...
yo por ejemplo antes en windows cuando cambie de cliente p2p, me pase los temps de edonkey a emule y pude seguir descargando los mismos archivos...
otra opcion tb que tienes es instalarte los driver ntfs-3g para poder leer/escribir en las particiones ntfs y utilizar el Wine, para hacer rular el emule de windows, cosa que hago actualmente y me va estupendo, tb lo hago con el utorrent.