Así de pronto, con el Win98SE y que peta al rato, y has probado varias versiones, lo primero sería preguntarte si las versiones que has probado son a, b, c... (cuanto mayor sea, más depurada está la versión). También saber si usas versiones originales, o usas mods.
Pudiera ser que tengas demasiadas conexiones en el apartado de conexiones, porque para los Win 9x se recomiendan muy pocas porque no son muy potentes en cuestiones de internet. Postea los parámetros de la configuración.
Igual tampoco es cosa del eMule, sino del Windows que ya le toca ITV.
Saludos.