Emulador de MegaDrive y MegaCD tienes el Gens, desconozco si hay otro mejor.
Sobre el mando, si lo tienes conectado por un conversor de PS2 a USB, en principio no hace falta tocar nada, el sistema te lo reconocerá automáticamente y será visible por el emulador.
Si usas Gnome un front-end para el SDLMame es el "Gnome Video Arcade" búscalo en el gestor de paquetes de tu distribución (Synaptic en el caso de Debian/Ubuntu) seguramente esté, al instalarlo te dejará una entrada en el menú Juegos. Lo mismo con el ZSnes, te deja una entrada y tiene su propio entorno gráfico, en el que puedes usar el teclado y el ratón.