Ahora que lo pienso un poco, eso de arrancar y formatear desde el disco de arranque de Windows 98 o Windows Me utilizando "format" solo te funcionara si la partición o el disco duro está en fat32.
Si la partición o el disco duro que quieres formatear esta en NTFS tienes 2 opciones:
1)Arrancas con el CD-ROM del Windows XP y lo utilizas para formatear.
2)Arrancas con el diskette del windows 98 o Me, te cargas la particion en cuestion con "fdisk" y la vuelves a crear, formateandola despues en fat32. (ten cuidadin con el fdisk si lo utilizas que luego pasa lo que pasa;) )
Saludos.