1º. Los programas aparecen en el menú adecuado al tipo de programa. Por ejemplo, el aMule está en programas/internet. El xmms (clon del Winamp) estará en programas/multimedia. Etc...
En tu caso, yo apostaría por programas/internet.
2º. Sobre los cortafuegos, iptables. Y como supongo que lo querrás con GUI, bifrost, por ejemplo.