Son historias independientes en su mayoria,tan solo hay unos pocos que tienen secuela y deben jugarse en orden.
Por ejemplo, el juego que estás jugando ahora, A Link Between Worlds, es secuela de A Link to the Past, lanzado en super nintendo y game boy advance, pero no hace falta haber jugado el primero para enterarte de la historia, ya que prácticamente lo único que tienen en común es el mapa y poco más.
En 3DS tambien tienes el Ocarina of Time y su secuela Majora's Mask.
A parte de estos, tal como dice DLoro5, en 3DS no hay otro con secuela.