Si te lo puedes permitir yo iría a por la de 3DS. Sobretodo por el acceso instantáneo al menú y la calidad gráfica (el original, por ejemplo corre a 20fps y aunque en su época se notaba poco, yo ahora lo noto mucho).
Otra cosa es que quieras tirar de emulador o algo así, aunque si no recuerdo mal tendrás que hacerlo en inglés porque la rom en castellano que pulula por ahí tiene un bug gordo. Yo lo he jugado en N64, GCube con la edición especial de Wind Waker y en 3DS y me quedo con la última, que está traducida, es la más potente y lo del menú directo es algo a tener en cuenta, te lo aseguro.