Si, es posible, mientras que lo que estes ejecutando sea un .jar es tan facil como crearte un archivo .bat/.cmd/.sh (si estas ejecutando el programa en linux).
En el caso de un .bat haz lo siguiente:
1. Create una carpeta y mete el .jar dentro
2. Descarga la version de JDK que corresponda (En tu caso la 6) y tambien la metes en la misma carpeta
3. Creas un archivo .txt tambien en esa misma carpeta y escribes lo siguiente dentro:
############## SCRIPT PARA EJECUCION SERVICIO WEB JAVA 6 ####################
cd ./carpeta_jdk_6/bin
java.exe -jar ../../nombre_del_jar.jar
Por ejemplo podria quedar asi:
cd ./jdk-6.0.2.1/bin
java.exe -jar ../../miApp.jar
Despues de poner eso, guardas y cambias la extension de .txt a .bat.
El comando "cd" se utiliza para moverte a esa ruta, que es relativa a donde se encuentre el .bat alojado, de ahi que los 3 archivos tengan que estar dentro de la misma carpeta.
Luego lo que haces es llamar al java.exe de dentro del jdk 6 y que ejecute tu .jar que esta dos carpetas mas hacia arriba, de ahi el "../../".
La estructura de carpetas que te debe quedar es
CarpetaGeneral
|
---------------------------- jdk-6.0.2.1
|
---------------------------- miApp.jar
|
---------------------------- script.bat
Ahora cada vez que quieras ejecutarlo das doble click sobre el .bat y listo.
Si quieres algo mas profesional te aconsejo que mires que es Docker y para que sirve, te vendria bien, aunque no se hasta que punto eres desarrollador y probablemente te baste con lo dicho.