Desde Windows Vista, existe una cosa que se llama UAC, o control de cuentas de usuario. Básicamente es un sistema ideado para que cualquier usuario pueda seguir teniendo privilegios administrativos. Los usuarios ejecutarán siempre los programas con el nivel más bajo de privilegios, y sólo si un programa requiere de realizar cambios en el equipo, modificar la configuración y/o realizar operaciones de administrador, será cuando salte el famoso cuadro de diálogo avisando de tal situación.
Cuando aceptas o dices que sí en este cuadro de diálogo, el programa adquiere derechos administrativos y la potestad para modificar configuraciones. Por eso no te pide ninguna contraseña.
Ahora bien, en lugar de tener este sistema activado, lo que también puedes hacer es optar por un sistema "clásico". Consistiría en revocar los derechos de administración a tu usuario, para luego crearte una segunda cuenta con derechos administrativos (o utilizar la cuenta integrada del Administrador) protegida por contraseña. Esto te obligaría a que, cada vez que quisieras modificar algo o instalar cualquier cosa, tuvieras que introducir las credenciales del administrador.
En tu caso podría servir, pues la clave del registro
HKLM\SYSTEM\CurrentControlSet\Services\UsbStor, que es la que controla la lectura de los pendrives, sólo puede ser modificada por Administradores. Simplemente tendrías que ejecutar un programa "mágico" de esos, como Administrador y con contraseña, para activar o desactivar los USBs.