No existen los wad backup de VC ni de WiiWare, todo eso son simple y llanamente wad piratas, asi que evita la mención en tu post. Las copias de seguridad de VC y WiiWare no son canales wad, sino volver a descargar gratis el juego de la tienda. Esto te lo digo para que no tengas problemas con las normas para empezar.
¿Que metodo es mejor? Claramente el que parchea la actualización oficial, que aquí llamas DIP-IOS pero que se puede hacer con varios programas más (preloader, Tona Shop, WiiSCU... eso si, 100% recomendado usar o DIP-IOS o preloader).
¿Por qué es mejor? Por varias razones, principalmente porque aún no se han reportado bricks que parezcan poder estar causados por actualizar asi, y sin embargo con el método de Wanin se han reportado errores raros, eso si, no culpemos al "método Wanin" porque a lo mejor hicieron algo mal. Sin embargo, a mi no me cabe duda que da menos problemas y es más segura una actualización oficial, que es para lo que está preparada la Wii, que una actualización manual automatizada. En todo caso, estas razones puedes ser subjetivas, asi que te doy una razón más objetiva, con este método los juegos no te pedirán actualizar a no ser que lleven algún IOS "especial", y cuando actualizas con estos juegos no estas perdiendo NADA de NADA, sin embargo, con el método Waninkoko, todos los IOS "pequeños" están desactualizados para tener trucha (un bug que no usas en casi ninguno de estos IOS) y por tanto casi todos los juegos te pediran actualizar, y es más, actualizarán IOS quitando trucha de los mismos, que no es muy importante, porque siempre te quedará parcheado IOS60, pero que según con qué o como actualices puedes perder trucha en IOS importantes.
Resumiendo, en mi opinión (ya digo que hay cosas subjetivas), ¿por qué es mejor?
1º Más fácil
2º Más seguro
3º Más cómodo al no tener que lidiar con la eterna pregunta ¿actualizo con este juego?
¿Con qué metodo se pierde más? Con ambos se pierde el hack de zelda y es lo único que se pierde.
¿Recomiendas actualizar? Cada uno que haga lo que crea oportuno, no hay necesidad de actualizar, lo único que aporta 4.0 (que no digo que sea poco) es SDHC y menú SD y a cambio te quita el hack de Zelda que es un "salvabricks", asi que cada uno debe estudiar su situación y decidir en consecuencia.
Finalmente he de decir que tu podrías haber sacado todas estas opiniones buscando y leyendo tanto el hilo de DIP-IOS como el hilo del firmware updater, y que podrías haber visto las diferencias entre ambos leyendo esos hilos.