Pues yo también soy de los que invierte el eje y, y no sé realmente porqué. Puede que los juegos más antiguos funcionaran así y ya se haya quedado en el subconsciente. De hecho, me parece que cuando jugaba al MGS3 online tenía invertido hasta el eje X, y cuando empecé a jugar a la ps3 tuve una época que desacostumbrarme de esto porque muchos juegos ya no lo permitían xD.
Ahora que lo dices, voy a mirar si juegos aun más antiguos (goldeneye) a los que jugaba venían así ya de casa, que tengo curiosidad.