Yo la tengo oculta, y hace poco hice un cambio de SD sin mayor problema. Hay utilidades que te facilitan la vida bastante en este aspecto. Ventajas a mi gusto de la partición:
1) Está oculta, de cara a posibles chequeos del OFW algo más se lo tendrán que currar
2) No le afecta la corrupción de la SD, aunque últimamente he decidido pasar de usar exFat tras múltiples problemas
3) Eficiencia, es decir, debería ser más rápida. Hay opiniones de todo tipo en los foros, pero el acceso a los datos en la emunand de ficheros es más costoso ya que requiere una capa de emulación intermedia que muestre los ficheros como una colección de particiones al CFW. Esta capa intermedia no existe, o es mucho más sencilla, en el caso de la partición oculta. Dicho esto, no tengo datos en un sentido u otro, es más que nada intuición por haber trabajado en estos temas muchos años.