mira; tu caso tiene una fácil solución. En el mercado puedes encontrar software fiable para este fin, por ejemplo el Partition Magic, DriveImage, etc... que con ayuda de un simple asistente te permite hacer dicha conversion de tu hd de fat/fat32/ntfs/... a cualquier formato con un simple clic y sin modificación aparente para tu estructura de archivos.
Otra solucion, mas rudimentaria, pero no menos efectivas es usar el propio prompt de tu os.
Una vez situados en el dos escribimos la sentencia CONVERT seguido del volumen (o unidad) mas el modificador apropiado.
en tu caso quedaria tal que así...
convert C: /FS:NTFS /V
y en pocos segundos la conversión se habrá realizado satisfactoriamente con un reporte del proceso.
*Para mas información sobre el comando teclea convert /?
*Una partición NTFS permite un nivel superior de seguridad, posibilidad de trabajar con archivos superiores a 4Gb y sobre todo un incremento de rendimiento a la hora de trabajar con ficheros (indices).
Saludos tron.