Bueno, no es una decisión que nadie pueda tomar por tí, pero desde mi punto de vista lo del ERP tiene una muy buena ventaja y es que al ser algo muy específico y en lo que no hay tanta gente especializada puedes llegar a ganar bastante, por contra si ese trabajo te acaba disgustando u ocurre algo (toquemos madera) encontrar un nuevo trabajo iba a ser bastante difícil.
El tema de j2ee y php, decírte que depende lo seria que sea la empresa igual te cogen para esto y acabas fregando el suelo de la oficina, si es una empresa grande echa un ojo a
http://www.trabajobasura.com e infórmate de que tipo de empresa es, según lo que averigües tómala como una opción seria o no.
Sobre lo de la plataforma de eLearning, puede ser muy interesante, mira a ver si las tecnologias en las que vas a trabajar te gustan, comprueba que no vayas a estar en el call center atendiendo incidencias porque ibas a estar enmarronado día sí, día tambien.
Teniendo en cuenta que las dos últimas opciones son seguras, valora los sueldos que te han ofrecido, si crees que son cantidades interesantes y el trabajo te llama la atención (me imagino que habrás acudido a entrevistas y tendrás una impresión general) valora hacía donde quieres orientar tu futuro.
Especializarte en esa herramienta de gestión o ganar experiencia en tecnologias más "conocidas" en las que poder cambiar de trabajo más adelante.
Espero haberte ayudado un poco,
Salu2