Hola, prueba a cambiar la profundidad de color del escritorio a 16 bits de color, y ejecuta el emulador.
En el escritorio, click derecho y elige "Resolución de pantalla", entra en "Configuración avanzada" > Monitor >> "Colores", selecciona 16 bits.
En un foro Inglés se comentaba (si he comprendido bien) que al ejecutar el emulador a través de
XFire, la mayor parte de problemas de imágen desaparecian.
Tal vez tu monitor tenga ajustes para la resolución y el 'centrado' de imágen, prueba a jugar con esos valores, por ejemplo modificando su resolución a la que utilices en el emulador y en el escritorio. Tambien buscando una opción dentro del menú principal que sea o se acerque a un centramiento de imágen.
En este sentido, la opción más común es ajustar la posición, siempre que, una vez ejecutado el juego, la imágen del emulador permita desplazarla (el borde negro en ese caso no estará sustituyendo la imágen de juego que falta, por lo que se podrá mover hacia un lado, buscando que quede encuadrada).
Utilizar otros emuladores es la solución/prueba por defecto, puedes darle una oportunidad a Emurayden y VGS (Virtual Game Station), no son tan completos como EPSxe pero a veces dan menos problemas, sobre todo VGS que es el más cómodo.
En Windows, puedes emular WinXP o instalar un XP real en una segunda partición, creo que son alternativas muy aparatosas en principio, antes que llegar a eso mejor probar diferentes emus.
Saludos