El save de savegame extractor/installer no tiene nada que ver con los que copia el system menu de wii.
No lo he probado pero deberias poder copiar el save otra vez a la wii sin tener que pasar por gecko OS. Es probable que puedas incluso copiar la partida otra vez a la sd si no has grabado encima (jugando al juego) sin tener que usar el rebooter. Yo tampoco lo he probado, a ver si alguien confirma esta "curiosidad", por lo demas no tendras problemas.