Reiniciar no sirve para nada en este caso, créeme...
El build.bat no hace más que lo que ha hecho con el programmer's notepad...
Tienes que instalar devkitarm 21, palib 080203 y libnds las ultimas. Así de fácil. El devkitarm es el compatible con vista, las palib esas son compatibles con devkitarm 21, y eso es lo que yo tengo y va de lujo.