Yo también uso la ~x86 y va perfecta (edito: iba perfecta, porque se me ha muerto mi / con reiser4).
Aunque puede ser problema de esa revisión del ebuild, mira que tienes en el kernel activado "kernel module loading", "agpgart" y que /usr/src/linux apunta a donde debe. Por otro lado, el problema del stack=4KB se salvó hace tiempo, pero no sé si con esa versión de nvidia funcionaba o no.
Saludos.