Tienes una opción, para salir del problema, desconecta todo menos el disco duro, que tiene que estar en el sata principal, escanea los puertos con el jungler con el reader o con el programa que quieras, anota el puerto donde te dice que esta el disco duro.
Cambia el disco duro de puerto y prueba a arrancar el ordenador, debería arrancar sin problemas aunque lo tengas conectado en otro sata, si no es asi cambia las opciones convenientes en la bios del pc.
Conecta el lector en el sata donde tenías conectado el disco duro, prueba en windows, si no funciona prueba en dos teniendo en cuenta que ya sabes el puerto donde esta conectado el lector.
Suerte.