Error de concepto, en el boot.ini no encontrarás nada porque Ubuntu no arranca desde el gestor de Windows, lleva otro distinto que se llama GRUB (igual te suena xD), se instala en el sector de arranque principal y muestra un menú para elegir. Como SUPERGRUB yo no conozco nada, solo el supergrubdisk, pero no instala nada por si mismo, es un disco de arranque para restaurar GRUB. No obstante, viendo el error que te da creo que lo que has hecho es instalar GRUB.
No sé qué configuración de discos tienes tú, pero te está intentando arrancar la segunda partición del tercer disco duro. ¿Es realmente ahí donde tienes Ubuntu?