Se renombra para que lo detecte por otra via, los eboot.pbp los suelen parchear via firm para que no se ejecuten, por lo que comentas, deben haber parcheado la via que utillizaba el vitaftp para funcionar.
Dado que el vhbl no utiliza la carpeta game para nada, lo mejor es que instales el vhbl con un menu, 138menu l3 comentan por ahi que funciona bien en 3.57 (onemenu v final supongo que tambien) y utilices el filer que llevan para mover lo que pases con el qcma (pulsando select).
Coge una instalacion limpia del save del vhbl, sobreescribe los ficheros del menu que elijas e instalalo.