Si son discos duros de 2.5" puede que simplemente los USB delanteros no den el amperaje suficiente para que echen a funcionar.
No es tan raro que pase esto, de hecho es más habitual de lo que pueda pensar mucha gente. De hecho pasaría aún más si no fuese porque normalmente las placas base dan algo más de amperaje de lo que dice el estandar USB 2.0, el cual marca unicamente como requisito que al menos se tenga 0.5A, y hay discos duros 2.5" que consumen algo más de eso (sin contar la placa controladora de USB).
Ese amperaje además se ve mermado levemente con la longitud del cable, en el caso de los USB delanteros es el cable de la placa hasta los USB y del USB hasta tu disco.
Puedes o conectarlo atrás como ya haces, o alimentar el disco con 2 USBs (a veces resulta) o pillar un Hub USB con alimentación externa.