Con LT 3.0, antes de grabar tienes que que pasar las isos de los juegos por ABGX 1.06 seleccionando level en la pestaña Autofix, eso te prepara las imágenes para funcionar en LT 3.0.
Los juegos con protección AP25 parcheados para LT 2.0 no funcionan en LT 3.0 y viceversa.
Si dices que has flasheado a LT 3.0 y te da error de disco no compatible es porque el juego está parcheado para LT 2.0. Lo que no entiendo entonces es como dices que te funciona en otra consola con LT 3.0, porque error de disco no compatible es tema de parcheo y si funciona en una consola con LT 3.0 tiene que funcionar en todas las que tengan ese firm.
Para asegurarte, extrae la imagen de uno de esos juegos con Imgburn última versión, le pasas ABGX 1.06 con level 3 en autofix y lo vuelves a grabar con Imgburn.
Si tras esto alguna de las 2 consolas te da error de disco no compatible es porque no tiene LT 3.0.