Lo más seguro es que instalaste homemenuhax en sysNAND y emuNAND, por ello te da el error.
1) Apaga tu consola, enciendela y deja que inicie, cuando aparezca la pantalla del rxtools pulsa L, te aparece el menú de rxtools, inicias emuNAND y pulsas L, debes estar en el menú de tu emuNAND, cambia el fondo por algún otro para borrar el menuhax, quita el tema, apaga tu consola y enciendela de nuevo.
Con sysNAND y emuNAND vinculadas.
2) Estará en sysNAND, inicia el homebrew e instala el menuhax con la configuración de tu preferencia, reinicia la consola y deberá cargar el cfw sin el doble Boot.
Eso sí, no podrás cambiar temas en la emuNAND.
Si no están vinculadas:
2) Tu consola cargará el cfw sin hacer doble Boot, podrás hacer el uso normalmente.
Si podrás cambiar el tema de la emuNAND