Pues no se si podrás arreglarla con un backup de la Nand que no sea de tu consola pero aunque no lo ponga en el tutorial es de sentido común hacer un backup de la Nand por lo que pueda pasar y mas cuando estas haciendo un proceso(el downgrade) que implica muchos riesgos de brick si algo sale mal.
Has comprobado que estén todas las carpetas de atmosphere en la SD? has probado con otra SD por si acaso esa esta mal? Has probado con otro CFW como Reinx por ejemplo? Para descartar que sea un problema de la instalación del firmware o de la configuración del CFW en la SD
No se si desde Hekate se puede lanzar Homebrew pero si se puede podrías probar a reinstalar la 7.0.1 a ver si revives la consola y haces un backup funcional de la Nand