Estarán protegidos o los datos dañados. ¿has probado a borrarlos siendo "root"?
puedes borrar el pen y hacerle una nueva partición en Fat32 o NTFS (Fat32 suele ser mas compatible con otros aparatos, como reproductores multimedia y demas, pero no puede meter archivos mayores a 4gb, por ejemplo una ISO de 4.3gb da error de escritura en Fat32 cuando al ir copiando sobre pasa los 4gb) con Gparted o el programa gestor de particiones que tengas.
