Eso pasa a veces. Si estás intentado cargar un programa homebrew, puede ser debido a que la extensión es nds y tendrás que cambiarla a gba (aunque sea para la ds).
Otro caso es que estés intentado leer una rom comprimida con zip (una versión que no reconoce el programa. Prueba a descomprimirla y cargarla de esa manera.
Un saludo.