Hola
Yo uso FlashFXP, si usas otro, te recomiendo que cambies, o como minimo, pruebes otros hasta solucionar el problema.
Si ya lo usas, creo que es un fallo del flashFXP, pero igual alguien piensa que es una utilidad, en fin, prueba lo que te dice Pacorrr
dale al boton que dice "refresh", está arriba, en mi version el penultimo por la derecha.
Si modificas cualquier cosa, no se ve, pq el cachea el contenido del directorio y no lo vuelve a pedir, dale el refresh y le obligas a que lo recargue, a ver que encuentra
Hoy no estoy demasiado lucido para redactar, espero te quede claro
saludos