Prueba lo siguiente:
arranca desde un cd y abre una consola ms2:
opción1:
chkdsk /r
fixboot
deberia solucionarse solo con esto, si es cosa de algún archivo corrupto o que no encuentra.
opción 2: (aunque no parece ser tu caso)
He visto que comentas que tenias conectado un disco externo, es muy raro pero puede pasar, que durante la instalación de la actualización si da algun error, cambie letras en las unidades.
(por ejemplo que tu disco externo D pase a ser C, y el disco de arranque C lo renobre a D)
Para ver que esto es lo que te pasa realmente:
Diskpart (con esto entras al programa desde ms2, todo en modo texto)
list volume (con esto te lista las unidades con su letra y capacidad)
Nota: para asignar otra letra a una unidad esta tiene que estar libre (no puedes decirle a un disco que sea C, si ya hay otro disco con la letra C...
(ahora seleccionamos el la unidad a la que vamos a cambiar la letra)
select volume x (x = la letra que seleccionas, ya sea C,D,E...)
(finalmente le asignamos la nueva letra)
assign letter=Csuerte con tu problema