Pues eso depende del sistema operativo. Si tienes windows 2000 o XP puedes hacerlo, si tienes Windows 98 o Millennium, olvidate. Si tienes alguno de los 2 primeros lo puedes hacer con el comando:
Convert (letra de unidad a cambiar, c:, d:, la que sea) /fs:ntfs
ejemplo:
convert d: /fs:ntfs
Asi te la convertira sin perder los datos que tiene grabados.
Saludos.