No es necesario, puedes tener el hdd en NTFS y luego usar el WiiBackupManager para pasar las isos a wbfs (es automático, el programa lo hace todo, hasta te crea la carpeta "wbfs" y te convierte los isos a ".wbfs").
Ahora bien, el hdd debería funcionar perfectamente formateado en wbfs, pero por probar, formatea en NTFS y hazlo como te comento, a ver si así te va bien.
El WiiBackupManager te reconoce perfectamente la partición wbfs?.