A mi tambien me pasa eso, pero lo hacís desde incluso antes de ponerle chip, con originales y todo. La solución que le ví es la mas sencilla, cuando arrancas la consola y la das al Boton A para sincronizar el primer mando, sincroniza los mandos con los que vallas a jugar, no esperas al ultimo momento, luego cargas el juego y listo.
Por otra parte, si es verdad que noto que la consola hace cosas raras con los mandos, como por ejemplo juego con dos mandos. apago desde el mando, enciendo desde el mando que antes era el mando 2, y éste se sincroniza como mando dos aún no habiendo mando 1.
Cuando coje perlas de éstas le hago la técnica de kaito y listo (desconectarla de la corriente un par de segundos...).