Aunque la gráfica apague los ventiladores, se oirán siempre el de la fuente a no ser que tengas una pasiva o semipasiva, y también los de la caja, etc...
Es más, yo por lo menos, cuando hay un leve murmullo por el aire que mueven los ventiladores, a mi por lo menos me camufla el resto de ruidos del equipo y no me resultan molestos, sobre todo el de los discos duros, en cambio al estar lo más silencioso el equipo, entonces se notan los discos duros bastante.
Respecto a lo que preguntas es algo bastante personal y subjetivo, lo que pueda desgastarse de más por estar la gráfica a algo más de temperatura, del otro modo lo sufres más en el consumo eléctrico de los ventiladores de la misma, además de que tienen más desgaste, difícil elección la verdad.
Saludos.