Pues has desactivado el modo de funcionamiento SATA de la placa.
Vamos que esta tratando el disco duro como un antiguo IDE y por lo tanto trabajando a la velocidad de los IDE. (estas perdiendo velocidad).
Para solventarlo, deberias instalar el driver del sata otra vez (por algun motivo se ha roto) o volver a instalar windows 7/8 con el modo SATA activado.
No es bueno ni es "malo" , vamos no te va a romper el pc, pero simplemente los accesos al disco, las copias, instalaciones de programas, inicio de windows sera mas lento.