Intenta buscar algo de información un poco más detallada, el modelo concreto de placa base (aunque sea de clónico) ayudaría, puedes usar el gratuito HWInfo y generar un informe detallado también.
Sobre las preguntas que comentas, se puede usar en ese puerto como dices, pero 250mbps es el máximo teórico, las velocidades reales rondarán los 200 siendo optimistas.
La otra pregunta, vuelvo a lo mismo, no te lo puedo asegurar sin ver más detalles de la placa o una foto, pero aunque sea largo (formato x16) puede que internamente solo funcione a 1x, por lo que estaríamos en las mismas. Si ese segundo puerto largo, aparte del factor de forma x16, está cableado a x16 (o a x8, para el caso) sí que sería una ventaja y deberías poner la tarjeta de red ahí, pero no suele ser el caso en placas de gama baja (con chipset G31 no espero otra cosa)
Sí que puedes usar el primer puerto x16 que normalmente se usa para poner una GPU para instalar una tarjeta de red y que funcione a velocidad gigabit (y que tengas los 300mbps de internet) si estás usando la gráfica integrada.
...pero cuando el equipo empieza a ser tan viejo te van a aparecer cuellos de botella por todas partes, aunque tu tarjeta de red pueda llegar a 300mbps depende del procesador que tengas e incluso del disco duro vas a tener un rendimiento pésimo. Yo pensaría en renovar el PC más que en poner "parches" que solo se van a notar en un escenario muy concreto.
Por cierto, el máximo teórico de USB2.0 son 480mbps, que a la hora de la verdad son más bien unos 280-300. La controladora USB integrada de intel de la época no era mala del todo, yo probablemente optaría por un adaptador USB, que sea 2.0 o 3.0 en tu caso no es relevante, pero que sea un chip reciente y que no dé problemas. Seguramente será más barato para rascarle un poco más de velocidad de descarga. Pero no esperes milagros.
Saludos
