En cuanto a la compatibilidad homebrew, es más bien Media-Baja, pero es cuestión de tiempo que se vaya solucionando. Cada vez mas aplicaciones serán compatibles con las librerias DLDI y mejorará la compatibilidad con los flash de slot-1 en general.
Creo que el M3 Simply/R4 es una buena elección (puedes ver en mi firma que es el que yo me he comprado), pero mírate bien los pros y contras de cada flash cart de slot-1 para tomar una buena decisión que se ajuste a tus necesidades.
Sobre las tarjetas de memoria: No, no todas son iguales, las hay más rápidas y más lentas. Por lo que se puede ver por el foro, las que dan menos problemas en todas los flash carts son: Kingston (Japan), PNY y Sandisk Ultra II. Además está el tema de la garantía, que supongo que dependerá de la marca, por ejemplo las kingston ofrecen garantía de por vida.