Pues depende, como bien has dicho se calentarán mucho más, y eso dependiendo de lo sensible que sea el disco a las temperaturas puede provocar errores.
Yo tenía un maxtor de 60gb 7.2 rpm y un seagate de 3,2gb y 5.4 rpm y se calentaban mucho, y el maxtor funcionaba bien, pero el seagate no podía soportar la temperatura, asi que al final se acabó rompiedo (al final perdía los datos continuamente) y lo tuve que quitar.
Si no tienes donde ponerlo también puedes ponerlo en una bahia de las del cdrom, con unos adaptadores que venden, que además sirven para reducir el ruido.