Pues desde el punto de vista del homebrew, el nuevo IOS58 permite USB 2.0, lo cual es muy bueno para aplicaciones como WiiMC, emuladores, etc. Además, con tu versión actual creo que no te dejará acceder a algunos canales oficiales, como el canal Tienda o el canal Nintendo, ya que te pedirá actualizar. Tampoco estoy seguro de si la versión 3.2 llevaba el canal Fotos 1.1 o no.
Por lo demás, si te cargan bien las backups, no hay problema. Actualizando seguirán cargando bien.
Cuando la Wii que tengo ahora llegó a mis manos tenía la versión 3.3 o 3.4, no recuerdo. Y luego actualicé a 4.1 con Pimp My Wii, usando el manual que hay en el foro. Creo que es la mejor opción, porque lo dejas todo perfectamente actualizado sin las trabas de las versiones 4.2 o 4.3.