Si es una New, es imposible que uses una SD de las grandes, pero aún así si tienes una micro sd de poca capacidad (4gb) usa esa mejor para hacer todo el proceso, y después ya pasas todo a una de mayor capacidad.
El motivo que se dice de usar una SD, y no una micro con adaptador (en el caso de las o3ds) es porque los adaptadores tienen más "facilidad" para fallar y perder información que una memoria rígida, y para este tipo de procesos, cuanto menos se deje al azar mejor, de ahí que se recomiende SD de 4b en el caso de las Old y microSD de 4gb en el caso de las new
