siento desilusionarte pero el emulador que tengo no es compatible con el hd. tampoco es que tenga mas, así que es posible que otro emuladores que si que los lea, pero lo mas seguro es que no.
el disco duro no funciona ni con juegos de psx, y tengo cierta sospecha que estos emuladores llevan el codigo o el lba o lo uqe sea de la psx y por eso no los reconoce como juegos. ademas las rutas del emulador son con la bandeja del cd (o otro que conozco de megadrive te reconoce los pendrive) así que en el caso de que funcionara seguirias teniendo que meter el cd no original y no lo leería ( a no ser que tengas un modchip).
y la pregunta a lo del emule, existen páginas con descarga directa como una que se parece a la selva de un camaleon o algo así (normas del foro de no paginas, así que busca en dios google). de todas maneras existen recopilaciones de TODOS los juegos exitentes de otras consolas, como el que tengo yo de supernintendo son 4 gb pero estan TODAS las roms, no falta ni una. estas recopilaciones se encuentran en emule fácilmente.
pd: los emuladores en la ps2, al menos los que he usado, van de mal y lentos que mejor te los pones en el pc, en serio.