Hola, creo que sin duda podrás seleccionar donde instalar cada programa, el SSD no modifica el procedimiento tradicional de instalación: como has dicho los programas por defecto se instalarán en el disco donde está instalado el sistema operativo (que es el SSD en nuestro caso), pero siempre será opcional modificar la ruta y elegir la que queramos, y la unidad (disco o partición) que prefiramos, igual que siempre.
Mucho más y antes que dañarse, el disco SSD se quedará muy pronto sin espacio al instalar varios juegos, es el mayor inconveniente de estos discos por el momento, junto al precio.
Quizá te refierías a 'morir' en sentido figurado (quedarse sin espacio muy pronto), entonces sí, por supuesto. He entendido que pensabas que el disco SSD era más frágil que el mecánico
![sonriendo :)](/images/smilies/smile.gif)
creo que es al revés de hecho, un HD mecánico tiene mayor probabilidad de dar errores que el SSD.
La configuración fundamental del disco SSD en el equipo (conviva o no junto a un disco mecánico) es ajustarlo en AHCI desde la Bios, en los tutoriales se exponen los pasos fundamentales, aunque es entretenido de hacer no deberías tener problemas para dejarlo listo.
Saludos