Bueno, comentare yo, es posible, pero..., no sera tan efectico que tratandolo desde el propio sistema.
Tendremos problemas de que no vea correctamente el registos, de inicio, etc. La mayoria de antivirus en linux estan diseñados para comprobar archivos individuales (como adjuntos o descargas), no de sistemas ajenos (que lo hay la verdad, mucho mas complejo ello).
Vale, quitara virus, pero reparar archivos esenciales, quitar spyware de inicio y demases, lo veo mas complejo la verdad.
Yo en la mayoria de casos uso spybot (temas de registro)+avast habiendo quitado cualquier rastro de virus que se autoejecute y no conectandome a internet sin antivirus activo claro.
En cualquier caso tambien hay lives para usar antivirus que te seran utiles para aquellos casos tan especiales que no te dejen usar el sistema.
Ahora, si alguien conoce casos de primera mano mejor o antivirus mas profesionales dedicados, que avise ^^, yo al menos con modo seguro mas ello para maliciosos que han sustituido o puesto en arranque quito ellos, y el resto, con un antivirus normal (debe quitarse ante los otros porque pueden anular un antivirus comun instalado en Windows claro).