Yo tengo un equipo ITX, que traslado de vez en cuando aunque no en avion, son equipos que puedes hacer tan potentes como los atx ocupando menos de la mitad. Cuando elegi mi caja hace unoos meses me mire practicamente todas las itx del mercado , en tu caso, te recomendaria mas un disipador por aire como puede ser el noctua nh-l9 o el nh-l12, ya que puedes optar a una caja mas pequeña aun, como puede ser la dancase a4, ghost s1 o sgpc k55 que incluso entrarian en una maleta de cabina. Huiria de las cajas con cristal templado, que puede ser el gran perjudicado en los transportes y como proteccion, poner ropa alrededor para que no baile en la maleta y tal vez algo de papel de burbuja o espuma en el interior.
Aun asi, supongo que tambien tendras que transportar el monitor, por lo que mas comodo siempre resulta un portatil. La ventaja de los sobremesa es que son mas potentes a igualdad de componentes y la posibilidad de expansion y actualizacion.