lo de menos es el contendor -MKV, MP4, AVI, FLV, MOV son ejemplos de contenedores de video- y el formato de video -divx/xvid, h264, VC-1, VP8, MPEG2, etc-] usado, ambos no afectan la duracion ni sincronia, lo que hace la diferencia es la velocidad de cuadro a la que se codifico cada video a usar -23.97, 24, 25, 29.97fps- y si esta velocidad de cuadro es constante [CFR] o variable [VFR],
Si ambos videos estan codificados a la misma velocidad y tienen la misma duracion seria algo trivial la sincronizacion desde el MKVMERGE, seria usar la opcion DELAY (ms) de las pestaña FROMAT SPECIFIC OPTION, ahi se atrasa o adelanta el audio en milisegundos -1000ms son 1segundo- para que encaje con el video.
Si ambos videos se codificaron a diferente velocidad de cuadro se puede hacer algo todavia desde el MKVMERGE:
hilo_guia-cambiar-framerate-a-un-matroska_1203012mas de MKVMERGE y MKV
hilo_convertir-video-audio-dual_1745069hilo_incrustar-subtitulos_1735127hilo_cortar-en-2-o-3-partes-peliculas-mkv-y-avi_1605517NOTA: no es necesario el extraer el audio
NOTA2, ¿quien te dijo que se requiere el audio este en formato dolby digital para usarse en un contenedor MKV?, MKV soporta AC3, DTS, MP2, MP3, WAV, WAV-PCM, AAC, OGG, etc., AVI soporta MP2, MP3, Ogg, AC3, DTS, WAV, PCM, etc.